多肽合成儀在操作過程中可能因儀器性能、操作規范、試劑質量或環境因素等引入誤差，影響合成效率和目標多肽的純度。以下是常見的誤差類型及其原因分析：
一、化學合成相關的誤差
1. 氨基酸活化不完*或副反應
問題：
氨基保護基團去保護不完*，導致偶聯效率低。
活化劑用量不足或反應時間不夠，造成氨基酸未能完*活化。
消旋化（如使用強堿性條件時，L-氨基酸部分轉化為D-構型）。
后果：
目標肽鏈長度不足（缺失部分氨基酸），或產生非對映異構體雜質。
2. 偶聯效率低
問題：
氨基酸當量比例不當（如過量溶劑或單體不足）。
反應體系pH控制不準確（如EDC偶聯需弱酸性條件）。
溶劑選擇不當（如DMF含水量過高導致氨基水解）。
后果：
肽鍵形成不完*，產生斷裂的短肽片段或未反應的游離氨基。
3. 側鏈保護基脫落或殘留
問題：
保護基在酸性或堿性條件下不穩定，提前脫落。
脫保護步驟（如TFA處理）不徹*，導致側鏈保護基殘留。
后果：
目標多肽的側鏈功能基團異常。
1. 溫度控制不準確
問題：
加熱或冷卻模塊溫控精度不足，影響反應速率或導致副反應。
溫度傳感器校準錯誤（如實際溫度與顯示值不符）。
后果：
縮合反應效率低，或高溫導致氨基酸分解。
2. 流速或壓力波動
問題：
輸液泵流量不穩定，導致反應體系濃度變化（如氨基酸進料不均勻）。
壓力傳感器故障，造成洗滌或溶劑切換不完*。
后果：
局部反應物濃度過高或過低，產生斷鏈或副產物。
3. 混合不充分
問題：
磁力攪拌或渦流混合強度不足，導致反應物分布不均。
反應器死區（如管路拐角）殘留未混合的試劑。
后果：
偶聯反應不完*，或局部副反應（如氧化、水解）。
三、多肽合成儀試劑與耗材相關的誤差
1. 溶劑污染
問題：
DMF、甲醇等溶劑含水或雜質（如氧化性物質），導致氨基酸水解或氧化。
管路清洗不徹*，殘留前次實驗的試劑（如TFA或堿）。
后果：
目標肽鏈斷裂或引入非預期修飾（如甲酯化）。
2. 氨基酸質量差
問題：
氨基酸原料純度不足（如含消旋體、雜質或潮解）。
側鏈保護基穩定性差（如Trt保護的谷氨酰胺易提前脫落）。
后果：
合成產物中混入雜質肽段或非目標序列。
3. 試劑配比錯誤
問題：
手動配制試劑時未按比例添加（如HBTU與HOBt比例不當）。
自動化加液系統校準錯誤（如過量添加DIPEA導致堿性過強）。
后果：
反應體系pH異常，引發副反應（如氨基甲酰化）。
